低深度重测序-中玉金标记（北京）生物技术股份有限公司

低深度全基因组重测序介绍

低深度全基因组重测序（Low-Coverage Whole Genome Sequencing, LC-WGS）是针对参考基因组信息完整的物种，采用低测序深度（通常1×-10×）对群体样品进行全基因组测序，结合基因型填充技术，实现全基因组范围内遗传变异精准检测的高效、低成本基因组学技术。其核心原理是利用“广度覆盖弥补深度不足”的思路，通过群体样品的联合分析与基因型填充，高效挖掘SNP、InDel等主要遗传变异，在大幅降低测序成本的同时，兼顾变异检测的广度与准确性，搭建基因组变异与表型性状的关联桥梁，为作物遗传育种、群体进化分析、种质资源鉴定等研究提供高性价比的数据支撑与理论依据。

应用场景

序号	应用场景	具体功能与依据
1	大样本群体遗传多样性分	低成本解析大规模群体的遗传多样性、群体结构、亲缘关系，为种质资源分类、核心种质筛选、群体进化分析提供基础数据，适配谷子、玉米等作物的大规模种质资源解析需求。
2	全基因组选择育种	为大规模育种群体提供高通量、低成本的基因型数据，构建基因组选择预测模型，实现育种材料早期精准选育，缩短育种周期、降低田间筛选成本，适配猪、绵羊等畜禽及作物的规模化育种需求。
3	复杂性状关联分析	为大样本群体提供全基因组标记数据，结合表型数据开展GWAS分析，挖掘与高产、抗逆、优质等目标性状相关的关键位点，适配谷子47个农艺性状等复杂性状的关联解析需求。
4	种质资源快速筛查与鉴定	低成本构建大规模种质资源的基因指纹图谱，实现种质资源的快速溯源、亲缘关系鉴定，杜绝品种同质化与侵权造假，为种质资源标准化管控提供支基因组辅助育种。
5	基因组辅助育种	快速挖掘与目标性状相关的分子标记，用于分子辅助育种（MAS），实现优良性状的快速聚合，提升育种效率。
6	功能基因组学研究	为马铃薯、谷子等作物的功能基因组学平台构建提供基础数据，辅助重要基因克隆与功能验证，支撑相关科研课题推进与论文发表。

技术优势

高性价比突出

低深度测序结合基因型填充技术，大幅降低测序成本（相较于常规高深度重测序，成本降低50%-70%），尤其适合大样本群体分析，实现“低成本、高通量、广覆盖”，可将畜禽个体测序成本控制在较低水平，大幅降低规模化育种与群体分析的成本负担。
填充算法先进

自主优化基因型填充流程，结合群体连锁不平衡信息与物种特异性特征，填充准确率可达95%以上，有效弥补低深度测序的不足，确保变异检测的准确性与完整性，部分物种填充技术达到国际领先水平。
分析精准高效

全流程严格质控，从样品提取、文库构建到测序、分析，每个环节均遵循标准化流程，数据质量稳定，结合fastp等高效数据处理软件，提升数据处理效率，真实还原样本基因组信息，保障研究结果可靠可重复。
多技术融合适配

整合低深度重测序、KASP标记分型、GWAS分析等多种技术，可根据用户群体规模、研究预算灵活选择测序深度与分析方案，实现“按需定制”，兼顾成本与分析需求；可衔接全基因组选择育种、基因克隆等后续技术，形成完整技术体系。
专业化团队支撑

拥有经验丰富的分子生物学与生物信息学团队，具备10年以上基因组测序与分析项目经验，已完成玉米、小麦、谷子、猪、绵羊等多种作物及畜禽的低深度重测序项目，可提供个性化方案设计，适配不同物种、不同群体的研究需求。
定制化服务灵活

可根据用户研究需求，灵活调整测序深度（1×-10×）、分析维度（如群体进化、GWAS、基因组选择），针对大样本群体提供专属定价方案，同时保障分析质量，实现“低成本、高质量”的服务目标；可结合用户需求，开发适配特定物种的分析流程。