种质资源是作物育种创新与种业高质量发展的核心战略资源。传统种质评价依赖表型鉴定，易受环境影响，存在遗传背景解析不清、群体分类不准、亲缘关系模糊、优异资源挖掘效率低等问题，难以满足现代精准育种与种质保护需求。
依托高通量测序、SNP 分子标记及自研育种芯片技术，中玉金标记构建标准化种质资源筛选体系，可精准解析种质遗传多样性、群体结构与亲缘关系，高效筛选核心种质，实现种质资源的科学保护、精准鉴定与高效利用，为分子育种创新与种业提质增效提供有力支撑。
结合种质资源保护、科研育种、品种管理等多场景需求，本方案可落地应用于全产业链环节，核心应用方向如下：
1、群体遗传背景解析与保种指导
全面剖析各类种质群体的遗传构成、种群分化特征，量化群体遗传多样性水平，精准区分不同类群种质，为种质资源分类保存、异地保种、活体库管理提供量化数据支撑，规范保种流程，提升种质资源长期保存质量。
2、核心种质资源精准筛选
基于全基因组分子标记数据，从海量原始种质中筛选可完整保留整体遗传多样性的核心种质，大幅缩减育种候选样本数量，剔除冗余材料，聚焦优异遗传资源，有效提升品种选育、基因挖掘、性状研究的工作效率。
3、群体划分与系谱完善
结合遗传相似性、亲缘关系分析结果，完成杂种优势群划分、自然群体 / 人工分离群体分类、育种家系谱梳理与家系划分；针对无明确系谱的种质材料开展父本溯源、亲缘关系推定，补全种质系谱信息，规范种质档案管理。
4、分子育种配套应用
支撑遗传图谱构建、QTL 定位、全基因组关联分析（GWAS）、BSA 性状分析等科研工作；服务分子标记辅助育种、全基因组选择育种，辅助育种亲本选配，挖掘携带抗病、抗逆、优质、高产等优良性状的特色种质资源。
5、品种确权与资源管控
结合品种确权核心标记位点，开展种质真实性鉴定、品种 DNA 指纹图谱构建，区分近缘品种、派生品种，防范种质混杂、品种侵权行为，保护自主知识产权与优质种质资源。
原始数据获取与预处理
SNP 变异检测与质控过滤
多维度群体遗传分析
亲缘关系分析
核心种质定向筛选
数据分析报告输出
主流测序
全基因组重测序（WGS）
适用于高精度遗传分析、新基因挖掘场景，常规基因组推荐测序深度10X；针对超大基因组作物，可适度降低测序深度，实现全基因组 SNP 全覆盖检测。
简化基因组测序（GBS）
高性价比群体分析方案，测序数据量依据作物参考基因组大小设定，标准推荐10WTags/G，超大基因组可酌情下调 Tag 数量，兼顾检测成本与标记密度。
分型策略
低深度重测序
专为千份以上超大样本群体设计，单样本测序深度不低于1X，单样本原始数据量≥1G；支持利用高深度测序数据进行基因型填充，适配大规模种质批量筛查。
液相基因芯片分型
主推泛性状专用育种芯片（如玉米 48K 液相芯片等），标记位点经过数万份种质验证，全基因组分布均匀，包含大量功能标记与品种确权位点，检测稳定性强、通量高、成本可控，是作物种质分析的主流优选方案中玉金标记(北京)生物技术股份有限公司
1、SNP 变异检测结果
统计全基因组 SNP 总数量、位点分布（染色体分布、基因区 / 非基因区分布）、SNP 突变类型；
展示标记质控前后位点对比、位点缺失率、多态性分布统计表格；
输出染色体 SNP 密度分布图、有效标记位点分布图，直观呈现标记在基因组上的覆盖情况。
2、群体遗传结构分析
群体结构柱状图：展示不同种质样本的祖先组分占比，划分遗传类群，识别混合血统、种质混杂材料，判断群体分化程度；
主成分分析（PCA）散点图：基于遗传变异将样本降维聚类，样本距离越近代表遗传背景越相似，清晰区分不同遗传类群，直观反映群体分群特征；
系统进化树：以树形结构呈现所有种质的聚类关系，梳理种质演化脉络与类群归属，辅助家系划分。
3、群体遗传多样性分析
量化指标表格：统一展示各群体 / 类群的核苷酸多样性、Nei 杂合度、多态信息含量、近交系数等关键参数，评估群体遗传丰富度与近交程度；
ROH 长纯合片段分析图：统计不同样本纯合片段长度、数量，分析种质近交衰退、种质驯化程度，为保种和群体改良提供依据；
多样性分组对比图：不同地理来源、品系类型的种质群体多样性横向对比，挖掘高遗传多样性优势群体。
4、亲缘关系分析
亲缘关系热图：以颜色梯度展示样本间 IBS 遗传相似系数，颜色越深代表亲缘关系越近，快速定位近缘种质、姊妹系、亲本子代材料；
亲缘关系统计表格：批量输出两两样本遗传相似系数，用于父本推测、系谱校正、材料溯源；
结合进化树、群体结构结果，综合判定种质亲缘梯队，为育种亲本组合选配提供数据参考。